
El 27 de marzo de 1546 muere Leonor Castro y Melo, hecho que impactó fuertemente a Francisco, ese mismo año renunció al ducado de Gandía, heredó toda su fortuna a sus hijos, realizó los ejercicios espirituales que le llevarían a seguir los estudios teológicos para ordenarse sacerdote ingresando a la Compañía de Jesús en 1548. Tras desempeñar varios cargos dentro de la Iglesia Francisco muere el 30 de septiembre de 1572. Fue beatificado en 1624 y canonizado en 1671 por el papa Clemente X.
Del matrimonio de Francisco con Leonor nacieron ocho hijos: Carlos, Isabel, Juan, Álvaro, Juana, Fernando, Dorotea y Alfonso. Fernando de Borja y Castro, el sexto hijo, nació en Madrid hacia 1537 y murió en 1587, su descendencia, que es la del apellido Borja en Ecuador, es la única línea de de sucesión de San Francisco de Borja que perdura hasta nuestros días.
De Fernando de Borja y Castro con Violante de Armendía nació Juan Borja y Armendía (n.1564 en Valencia - m.1628), fue Gobernador de Popayán y casó con Violante Miguel de Heredia, tuvieron a Juan Pedro Borja y Miguel de Heredia (n.1602 - m.1657), quien casó con Tomasa de Larraspuru y tuvieron a Juan Bautista Borja y Larraspuru (n. 1643 en Popayán - m. 1702), fue Corregidor de Riobamba, casó con María Antonia Paz Duque y tuvieron a Francisco José Borja y Paz Duque que nació en Quito en 1654, fue Alcalde Ordinario de esa ciudad, casó con Isabel Lastreros, padres de Lucas Vicente Borja y Lastreros (n. 1725 -m.?) que casó con María Freire Ormaza y tuvieron a Ignacia Borja Freire (n.? -m.1831) y a Francisco Borja Freire (n.? -m.?). Ignacia casó con Juan José Barba Sánchez de Orellana y tuvieron a Nicolás Barba y Borja (n.1792 - m.1838) y a Florencio Barba y Borja (n.1805 - m.1878), mientras que Francisco Borja Freire casó con Pacífica Tinajero y tuvieron a María Borja y Tinajero que casó con Martin Chiriboga León. Es a partir de estos matrimonios que nuestros apellidos Barba y Chiriboga se enlazan con la descendencia de San Francisco de Borja.
De Nicolás Barba y Borja con Antonia Jijón y Carrión nació Rafael Barba Jijón que casó con Virginia Aguirre Klinger, padres de Alfonso Barba Aguirre que casó con Beatriz Larrea Jijón con la siguiente sucesión: Rafael Barba Larrea cc. Rosa Chiriboga Álvarez, Beatriz Barba Larrea cc. Gustavo Vásconez Hurtado, Rosa Barba Larrea cc Manuel Freile Larrea, Cecilia Barba Larrea cc Manuel Jijón y Caamaño Flores y Carlos (Montufar) Barba Larrea cc Elena Freile Gómez de la Torre.
De Florencio Barba y Borja con Mercedes Checa y Barba nació Juan Barba Checa que casó con Rosa Elena Villacís Chiriboga, padres de Jose Julio Barba y Villacís que casó con Inés Zaldumbide Arteta con la siguiente sucesión: Francisca Barba Zaldumbide cc. Rafael León Larrea, José Julio Barba Zaldumbide cc. Mercedes González Tovar y Rosa Barba Villacís que casó con Cesar Tomás Álvarez Valdivieso con la siguiente sucesión: Antonio Álvarez Barba cc Eloisa Chiriboga, Rosa Mercedes Álvarez Barba cc Luis Mancheno, Oswaldo Álvarez Barba cc. Carmela Drouet, Teresa Álvarez Barba cc. Romeo Borja, Cesar Álvarez Barba cc. Josefina Villota Zarama, Catalina Álvarez Barba cc. Eduardo Bustamante, María Elena Álvarez Barba cc. Jorge Espinosa, Lola Álvarez Barba cc. Carlos Peña Astudillo.
De Martín Chiriboga León y María Borja Tinajero nació Pacífico Chiriboga Borja que casó con Ignacia Fernández Salvador, padres de Enrique Chiriboga Fernández Salvador que casó con Filomena Gangotena con la siguiente sucesión: Luis Chiriboga Gangotena cc. Mariana León Larrea, Pacífico Chiriboga Gangotena cc. Clemencia Álvarez Gangotena y Clementina Chiriboga Fernández Salvador que casó con José María Lasso de la Vega con la siguiente sucesión: María Dolores Lasso Chiriboga cc Francisco Uribe de Brigard.